أُسِّس معهد ليمينا في عام 2005 استجابةً للوضع الوطني في إندونيسيا آنذاك وبتشجيع من قادة الكنيسة الوطنية. حظيت مشاركة المسيحيين في بناء الأمة باهتمام الكنائس لفترة طويلة. لذلك، فوّض المؤتمر الوطني لمجلس الكنائس في إندونيسيا في أمبون عام 1984 زمالة الكنائس في إندونيسيا لإنشاء مركز أبحاث يُسمى أكاديمية ليمينا برئاسة الفريق أول ت. ب. سيماتوبانغ.
سُمي معهد ليمينا على اسم الدكتور يوهانس ليمينا (1905–1977) إحياءً لذكراه كرجل دولة ورجل دين في إندونيسيا الذي كان يُبدّي الحب على كل ما يفعل ويخدم كل من حوله.
في عام 2004، وبنصيحة وتشجيع من قادة الزمالات الوطنية للكنائس من مختلف الطوائف، وافق أعضاء مجلس إدارة أكاديمية ليمينا على إنشاء معهد ليمينا كمركز أبحاث مستقل (لم يعد تابعًا لزمالة الكنائس في إندونيسيا) ليعكس تنوّع الكنائس.
الرسالة: بلورة الحضارة الإندونيسية القائمة على مبادئ البانكاسيلا الخمسة ودستور عام 1945، والحضارة العالمية التي تدعم الكرامة الإنسانية من خلال التعاون ضمن المجتمع التعددي. نحن نعتبر القيم الدينية بمثابة الركائز الأخلاقية والقيمية والروحية المتكاملة لبناء الأمم سواء في إندونيسيا أو على صعيد العالم. وانطلاقًا من روح الوحدة والتعدّدية، نُقيم جسور التواصل مع القادة الدينيين والشخصيات العامة، في إندونيسيا والعالم، لإرساء الأسس الأخلاقية والقيمية والروحية للحياة. نحن نتعاون على احترام التنوّع والمساواة في المجتمع ورعايتهما.
برنامج ليمينا المسمى الإلمام الديني العابر للثقافات هو أسلوب في التفكير والتصرّف يمكّننا من التعاون مع أشخاص من ديانات ومعتقدات مختلفة (الكفاءة التعاونية). ويستند إلى المعرفة الذاتية الأخلاقية والروحية والشخصية (الكفاءة الشخصية)، بالإضافة إلى فهم الآخرين المنتمين إلى ديانات مختلفة أو الذين يعتنقون معتقدات مختلفة (الكفاءة المقارنة).
