تأسس معهد ليمينا في عام 2005 استجابةً للوضع الوطني في إندونيسيا آنذاك، وبناءً على تشجيع قادة الكنيسة الوطنية. لطالما أولت الكنائس اهتمامًا بمشاركة المسيحيين في بناء الأمة. ونتيجة لذلك، فوّض المؤتمر الوطني لمجلس الكنائس في إندونيسيا في أمبون عام 1984 زمالة الكنائس لإنشاء مركز أبحاث باسم أكاديمية ليمينا، برئاسة الفريق أول ت. ب. سيماتوبانغ. سُمّي المعهد على اسم الدكتور يوهانس ليمينا (1905–1977)، تكريمًا لمسيرته كرجل دولة ورجل دين، إذ عُرف عنه حبه لكل ما يقوم به وخدمته لكل من حوله. في عام 2004، وبتوجيه ودعم من قادة الزمالات الوطنية للكنائس من مختلف الطوائف، وافق مجلس إدارة أكاديمية ليمينا على إنشاء معهد ليمينا كمركز أبحاث مستقل، ليعكس تنوّع الكنائس ويستمر في مهمته البحثية والتوعوية بعيدًا عن الزمالة الأصلية.
الرسالة: يعمل معهد ليمينا على بلورة الحضارة الإندونيسية على أساس مبادئ البانتشاسيلا الخمسة ودستور 1945، مع الانفتاح على الحضارة العالمية التي تدعم الكرامة الإنسانية عبر التعاون ضمن مجتمع تعددي. يرى المعهد في القيم الدينية ركيزة أخلاقية وروحية لبناء الأمم في إندونيسيا والعالم. وينسّق المعهد جهود التواصل مع القادة الدينيين والشخصيات العامة لتعزيز أسس الحياة الأخلاقية والقيمية والروحية، مع احترام التنوّع والمساواة في المجتمع.
برنامج ليمينا للإلمام الديني العابر للثقافات: يركّز هذا البرنامج على تطوير أسلوب تفكير وتصرف يمكّن الأفراد من التعاون مع أشخاص ينتمون لديانات أو معتقدات مختلفة أي الكفاءة التعاونية ويستند إلى المعرفة الذاتية الأخلاقية والروحية والشخصية أي الكفاءة الشخصية وفهم الآخرين من خلفيات دينية متنوعة أي الكفاءة المقارنة.